為全面落實《國務院關于改進加強中央財政科研項目和資金管理的若干意見》（國發﹝2014﹞11號），進一步加強上海市科研計劃專項經費（以下簡稱“科研經費”）的管理，建立和完善科研經費管理與監督制度體系，提高財政資金使用效益，上海市科委近日制定并公布了《上海市科研計劃專項經費巡查管理暫行辦法》，《辦法》對巡查工作的政策依據、主要任務、工作規程和違規行為處理等內容作出了詳細規定。　
根據《辦法》，市科委將依據《國務院關于改進加強中央財政科研項目和資金管理的若干意見》等文件，對承擔科研計劃項目（課題）的單位每年一次開展巡視檢查工作。主要任務包括對巡查對象執行國家及本市有關財經法規和科研經費管理規定、管理和使用科研經費情況等進行指導督促；宣講科研經費管理政策；排查風險點，指導巡視對象堵塞漏洞、保證科研經費管理使用健康到位；調研一線科研人員實際困難和需求，為改進和完善科研經費管理吸收意見和建議。巡查將按下達巡查通知書、巡視對象自查、現場檢查三個環節展開。今后，巡視檢查將成為一項常態化過程監管服務制度。　
《辦法》明確要求，巡查中發現下列11種行為的，應在《巡視工作記錄表》中詳細記錄并收集相關證據，并向市科委報告。包括：利用虛假項目騙取專項經費；提供虛假財務資料、挪用專項經費；利用虛假或不實合同、協議套取專項經費；使用虛假不實票據騙取專項經費或以虛假不實票據列支專項經費；向其下屬具有法人資格的單位或存在關聯關系單位違規轉撥專項經費；自行增加預算外單位、違規外撥專項經費；虛報冒領勞務費、專家咨詢費或勞務費、專家咨詢費發放不規范；使用現金大額采購或現金發放數額較大；列支與科研任務無關的個人消費性支出；不執行《科研經費巡查查監督意見書》，逾期不提交整改報告、整改落實不到位或虛假整改；其他違規行為。　
對巡查中發現的違規行為，市科委將依據有關管理規定，采取包括約談單位法定代表人、通報批評、暫停項目（課題）撥款、不通過財務驗收、終止項目（課題）執行、追回已撥項目（課題）經費、取消項目（課題）承擔者一定期限內項目（課題）申報資格等處理措施，并可向社會公開處理結果。　
對于違規違紀行為，涉嫌違紀的，移送所在單位或主管單位紀檢監察部門處理；涉及違法的，移交司法機關處理。同時，市科委將建單位和個人的科研信用記錄；嚴重不良信用記錄者將記入“黑名單”，階段性或永久取消其申請科研項目（課題）的資格。　
辦法于2014年11月25日生效實施，有效期2年。