專家信息:
魏冬青,男,上海交通大學生物信息與生物統計系教授。Springer期刊“Interdisciplinary Sciences”(交叉科學)主編,“J. Atomic and Molecular Physics” 執行主編之一,中國數學力學物理學高新技術交叉研究學會副理事長兼生物信息學專業委員會主任委員,中國科學院計算化學虛擬實驗室成員,中國兵工學會兵器材料動態力學專業委員會委員,“Molecular Simulation”原子分子物理學報等五家雜志編委。作為大會主席主持召開2008年理論與計算化學國際會議(TACC 2008),第二屆IEEE生物信息學及生物醫學工程大會( Bioinformatics and Biomedical Engineering Conferences)以及計算與系統生物學國際會議(International Conference on Computational and System Biology)。
學習及工作經歷:
1.1987年在美屬波多黎各大學獲化學物理學博士學位;
2.1987年8月-1992年12月加拿大不列顛哥倫比亞大學做博士后研究和Research Associate;
3.1993年1月-2002年12月加拿大計算及其應用研究中心任Research Scientist(Research Scientist Research Center on Computation and Its Application);
4.2003年1月-2006年1月,天津市及天津師大特聘教授(海河學者),天津大學博士生導師,天津生物信息與藥物開發研究所所長;
5.2006年2月起任上海交通大學生物信息與生物統計系教授,博士生導師,常務副主任。
科學研究:
研究方向:
魏教授長期從事結構生物信息學, 計算機輔助藥物設計, 量子分子動力學, 復雜體系的統計力學,鐵電液晶和新型含能材料的基礎理論研究,生物學理論建模,生物學數據庫設計和軟件開發方面的研究。
承擔的科研項目情況:
1.“藥物代謝酶SNPs與藥物的類藥性一體化預測軟件的研究與開發”, 國家863計劃生物信息專項,項目編號:2007AA02Z333,2007-2011,項目主持人;
2.“阿爾茨海默氏癥天然藥物的設計、篩選以及相關的理論研究”,國家自然科學基金,項目編號:30870476,2009-2011, 項目主持人;
3.“復雜環境化學反應體系的理論計算方法與應用研究”,國家自然科學基金,項目編號:20773085, 2008-2010,項目主持人;
4.“與重大疾病相關的淀粉纖維蛋白的聚集機理的理論研究”,國家自然科學基金,項目編號:30770502,2008-2009,第一參與人;
5.“含能分子液體的量子分子動力學研究”,國家自然科學基金-中國工程物理研究院聯合基金,項目編號:10376024,2004-2006年,項目主持人;
6.“統一的親水-親脂勢及在藥物設計中的應用”,國家自然科學基金,項目編號:20373048,2004-2006年,第一參加人;
7.“藥物設計的方法創新和抗生素先導化合物的研究”,天津市科委自然基金重點項目,項目編號:033801911,2003-2005年,項目主持人;
8.“廣譜抗病毒天然藥物先導化合物的發現與優化”,天津市科委自然基金重大攻關項目,2004-2006年,項目主持人。
研究成果:
首次從理論上證明了鐵電液晶的存在,論文發表在《物理學評論快訊》以及《物理學評論》上,并被廣泛引用(350次)。它解決了統計物理上長期困擾的問題,這個問題是1916年由玻恩(Max Born)提出來的,即偶極相互作用可能形成方向有序的液體狀態。他使人們認識到這個簡單的體系包涵復雜的相結構和有趣的物理現象。同時這一發現開拓了液晶研究的新領域,即研究近球狀分子形成的鐵電液晶,著名的物理學家M. E. van Leeuwen and B. Smit指出( Phys. Rev. Lett. 71, 3991-3994 (1993))魏和Patey關于軟球的分子動力學模擬代表了最早的貢獻(the first contribution), 它證明了偶極相互作用力單獨可以生成方向有序的液體狀態,在高密度時變成鐵電固體,也是首次證明了向列鐵電液體的存在。B. Groh and S. Dietrich( Phys. Rev. Lett. 72, 2422 (1994))指出不管從物理本質還是技術應用來說都是很有意義的因為這個相不僅是向列的而且是鐵電的。
發表論文:
1. Qishi Du, Shuqing Wang, Zhiqin Jiang, Weina Gao, Yun Li, Dongqing Wei, and Kuo-Chen Chou, “Application of Bioinformatics and Distorted Key Theory to Find Drug Candidates against SARS”, Medicinal Chemistry, 1,173 (2005).
2. Suzanne Sirois, G.M. Tsoukas, K.C. Chou, Dongqing Wei, C. Boucher, & G.E. Hatzakis, Selection of molecular descriptors with artificial intelligence for the understanding of HIV-1 protease peptidomimetic inhibitors-activity. Medicinal Chemistry, in press.
3. Qi-Shi Du, Peng-Jun Liu, Jun-Min Xie, Shu-Qing Wang, Dong-Qing Wei, Dennis Salahub, “Intermolecular Potential for Methane Hydrates”, J. Chem. Phys., in press.
4. Qishi Du, Shuqing Wang, Dongqing Wei, Suzanne Sirois, and Kuo-Chen Chou , “Molecular Modelling and Chemical Modification for Finding Peptide Inhibitor against SARS CoV Mpro" Analytical Biochemistry,337, 262-270(2005).
5. Suzanne Sirois, Dong-Qing Wei, Kuo-Chen Chou and Qishi Du, “Assessment of Databases And Chemical Libraries For Their Druggability”, Computational Biology & Chemistry, 29, 55–67(2005).
6. Mei Dong, Xin Zhang, Aixiu Li and Dongqing Wei, “The Structure and Functions of the PEVK Poly- peptide Domain of Muscle Titin Protein”, Chemistry of Life, 25, 113(2004).
7. Qi-Shi Du, Shu-Qing Wang, Yu Zhu, Dongqing Wei, Hong Guo, Suzanne Sirois, Kuo-Chen Chou, “Cleavage Mechanism of Polyprotein by SARS CoV Mpro and Chemical Modification of Octapeptide” Peptide, 25, 1857-1864 (2004).
8. Suzanne Sirois, Dong-Qing Wei, Qishi Du, Kuo-Chen Chou, “Virtual Screening for SARS-CoV Protease Based on KZ7088 Pharmacophore Points”, J. Chem. Info. Comput. Sci., 44, 1111, 2004.
9. Qishi Du and Dongqing Wei , “Application of the Bridge Functions on the RISM-HNC and Improvement of Solvation Free Energy Calculations ”, Acta Chimica Sinica, 62, 120, 2004.
10. Qishi Du, Dongqing Wei and Aixiu Li, “Quantum Chemical Description for Molecular Lipophilicity and Hydrophilicity: I. Molecular Lipophilic and Hydrophilic Surface”, Chemical Journal of Chinese Universities, 25, 1706(2004).
11. Du Qishi, Wang Shuqing, Wei Dongqing, Li Aixiu, “Study of Amino Acids Correlation in Proteins and Application in Structural Analysis”, Chemical Journal on Internet(CJI), 6, 40, 2004.
12. Shuqing Wang, Hong Li, Qishi Du, Dongqing Wei, “Amino Acid Principal Component Analysis for Protein structural Study and Its Application in Structure Prediction”, Acta Physico-Chimica Sinica , 20, 498, 2004.
13. K. C. Chou, D. Q. Wei, and W.Z. Zhong, Binding Mechanism of Coronavirus Main Proteinase With Ligands and its Implication to Drug Design Against SARS, Biochemical and Biophysical Research Communications, 308, 148(2003).
14. Qishi Du, Dongqing Wei, Kuo-Chen Chou,“Correlations of Amino Acids in Proteins”, Peptides, 24, 1863(2003).
15. Qishi Du and Dongqing Wei , “Solvation and Polarization of NMA Molecule in Aqueous Solution: A Combined Study of Ab Initio Quantum Mechanics and Integral Equation Theory in Three-Dimensions”, J. Phys. Chem. B, 107, 13463 – 13470(2003).
16. S.A. Decker, T.K. Woo, D. Wei, and F. Zhang, "Ab Initio Molecular Dynamics Simulations of Multimolecular Collisions of Nitromethane and Compressed Liquid Nitromethane" Proceedings of the 12th International Detonation Symposium, August 2002, San Diego.
17. D.Q. Wei, J.F. Trochun, Suzanne Sirois and D.R. Salahub, “Solvation of Formic Acid and Proton Transfer in Hydrated Clusters”, J. Chem. Phys., 116, 6028(2002).
18. D.Q. Wei, F. Zhang and T. K. Woo, “First-Principle Simulations of Energetic Molecular Liquids”, AIP Conference Proceedings, 620, 407-410(2002).
19. D. Q. Wei, Hong Guo and D.R. Salahub, "Conformational Dynamics of an Alanine Dipeptide Analogue: an Ab Initio Molecular Dynamics Study", Phys. Rev. E., 64, 011907(2001).
20. Radu Iftimie, Dennis Salahub, D. Q. Wei, Jeremy Schofield "Using a Classical Potential as an Efficient Importance Function for Sampling From an Ab Initio Potential", J. Chem. Phys., 113, 4852(2000).
21. D. Q. Wei, E. I. Proynov, A. Milet, and D. R. Salahub, "Solvation of the Hydroxide Anion: A DFT Study Using Several Exchange-correlation Functionals", J. Phys. Chem., 104, 2384(2000).
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25. G. Ayton, D.Q. Wei and G.N. Patey, "Liquid Crystal Phases of Dipolar Discotic Particles", Phys. Rev., E, 55, 447, 1997.
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28. R.C. Dunbar, T.B., McMahon, D. Tholmann, D.S. Tonner, D.R. Salahub and D.Q. Wei, "Zero- pressure Thermal Radiation Induced Dissociation of Gas-phase Cluster Ions: Comparison of Theory and Experiment for (H2O)2Cl- and (H2O)3Cl-", J. Am. Chem. Soc., 117, 12819, 1995.
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36. Chandra, D.Q. Wei and G.N. Patey, "The Frequency Dependent Conductivity of Electrolyte Solutions", J. Chem. Phys., 99, 2083(1993).
37. Chandra, D.Q. Wei and G.N. Patey, "Dielectric Relaxation of Dipolar Liquids", J. Chem. Phys., 99, 2068(1993).
38. Chandra, D.Q. Wei and G.N. Patey, "Dielectric Relaxation of Electrolyte Solutions: Is There Really a Kinetic Dielectric Decrement?", J. Chem. Phys., 98, 4959(1993).
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41. D.Q. Wei and G.N. Patey, "Ferroelectric Liquid Crystal and Solid Phases Formed by Strongly Interacting Dipolar Spheres", Phys. Rev., A, 46, 7783, 1992.
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43. P. Attard, D.Q. Wei and G.N. Patey, "On the Existence of Exact Conditions in the Theory of Electrical Double Layers", J. Chem. Phys. 96, 3767, 1992.
44. C.P. Ursenbach, D.Q. Wei and G.N. Patey, "Activity Coefficient of Model Aqueous Electrolyte Solutions: Sensitivity to the Short Range Part of the Inter-ionic Potential", J. Chem. Phys. 94, 6782 (1991).
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47. P. Attard, D.Q. Wei and G.N. Patey, "The Interaction Between Macroparticles in Molecular Fluids", J. Chem. Phys. 93, 7360 (1990).
48. P. Attard, D.Q. Wei and G.N. Patey, "Critical Comments on The Nonlocal Dielectric Function Employed in Recent Theories of the Hydration Force", Chem. Phys. Lett., 172, 69 (1990).
49. D.Q. Wei and G.N. Patey, "Dynamics of Molecular Liquids: a Comparison of Different Theories with Application to Wave Vector Dependent Dielectric Relaxation and Ion Solvation", J. Chem. Phys. 93, 1399 (1990).
50. D.Q. Wei, G.N. Patey and G.M. Torrie, "Double Layer Structure at an Ion-adsorbing Surface", J. Phys. Chem. 94, 4260 (1990).
51. D.Q. Wei and G. Patey, "Rational Motion in Molecular Liquids", J. Chem. Phys. 91, 7113 (1989).
52. D.Q. Wei and L. Blum, "Nonprimitive Model of Electrolyte: Analytical Solution of The Mean Spherical Approximation For an Arbitrary Mixture of Sticky Ions and Dipoles", J. Chem. Phys. 89, 1091 (1988).
53. 代謝網絡流分析進展及應用 陳琦; 王卓; 魏冬青; 科學通報 2010-05-15
54. 受磷蛋白的空間結構及其分子動力學模擬 湯孛; 鞏克; 王靖方; 李亦學; 魏冬青; 科學通報 2010-03- 25
55. 細胞色素酶2D6的分子對接以及分子動力學研究 王靖方; 張成城; 魏冬青; 科學通報 2010-01-05
56. 碳環類神經氨酸酶抑制劑的2D-QSAR研究 鄭會勤; 李云; 蔣志勤; 杜奇石; 魏冬青 ; 天津師范大學學報(自然科學版) 2006-12-30
57. 高壓下TATB壓縮性質的LDA和GGA比較研究 劉紅; 趙紀軍; 龔自正; 鄭偉; 杜建國; 姬廣富; 魏冬青; 原子與分子物理學報 2007-04-25
58. 分子模擬在生物化學中的應用實例 王春芳; 王靖方; 栗琳; 魏冬青; 原子與分子物理學報 2007-04-25
59. 藥物基因組學與個性化藥物設計研究進展 張瑞; 魏冬青; 魏華春; 屈凌波; 李如林; 陳超; 李亦學; 藥學進展 2007-06-25
60. 偶極流體的理論研究 王英杰; 魏冬青; 王璐; 龔自正; 郭永新; 原子與分子物理學報 2007-06-25
61. 鋁團簇Al_(13)的結構、電子性質和氧原子吸附的第一原理計算 王璐; 趙紀軍; 王英杰; 龔自正; 郭永新; 魏冬青; 原子與分子物理學報 2007-06-25
62. HIV蛋白酶抑制劑的定量構效關系研究及其指導下的修飾 高慧; 王春芳; 高維娜; 李云; 魏冬青; 原子與分子物理學報 2007-08-25
63. H5N1血凝素蛋白切割位點的序列研究 郭曉莉; 朱貽盛; 李亦學; 石萍; 周豪魁; 姚勁松; 黃振德; 魏冬青; 科學通報 2007-08-30
64. 木糖還原酶定點突變設計的生物信息學分析 杜紅麗; 王靖方; 曾琦鍇; 凌飛; 魏冬青; 林影; 王小寧; 華南理工大學學報(自然科學版) 2008-12-15
65. CYP2C19基因與藥物代謝相關性研究進展 杜紅麗; 王靖方; 崔建勛; 凌飛; 魏冬青; 王小寧; 廣東藥學院學報 2008-10-15
66. 同半胱氨酸腺苷水解酶抑制劑的虛擬篩選和設計 魏華春; 張瑞; 李愛秀; 魏冬青 ; 中國化學會第二十五屆學術年會論文摘要集(上冊) 2006-07-01
67. 藥物代謝酶P450 的計算生物學研究 王靖方; 魏冬青; 中國數學力學物理學高新技術交叉研究學會第十二屆學術年會論文集 2008-08-01
發明專利:
魏冬青,周國城,甘一如,杜奇石, “一種抑制冠狀病毒的多肽及其衍生物”,專利號:ZL 2004 1 0018679.3, 2006年一月。
資料更新中……
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