靳文菲，中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所多組學(xué)與腫瘤研究組組長，曾任南方科技大學(xué)生科院副教授，研究員、博士生導(dǎo)師、國家高層次青年人才、珠江人才計劃青年拔尖人才。長期從事基因組學(xué)、腫瘤免疫相關(guān)研究。主要研究方向：1.發(fā)展和利用單細(xì)胞測序技術(shù)研究腫瘤微進(jìn)化和腫瘤微環(huán)境；2.生物信息。發(fā)表論文50余篇，其中以（含共同）第一/通訊作者身份在《自然》《自然·癌癥》《自然·方法》《分子細(xì)胞》《美國科學(xué)院院報》《基因組研究》《基因組生物學(xué)》等雜志發(fā)表29篇論文，總引用>3000次（谷歌學(xué)術(shù)）。先后承擔(dān)十余項國家和省部級項目（主持4項國家自然科學(xué)基金和2項國家重點研發(fā)課題負(fù)責(zé)）。擔(dān)任《分子遺傳學(xué)和基因組學(xué)》副總編輯和多個雜志的編委。

曾獲南方科技大學(xué)“良師益友”優(yōu)秀研究生導(dǎo)師、優(yōu)秀書院導(dǎo)師、南科大優(yōu)秀研究生導(dǎo)師和美國國立心肺血液所奧洛夫（Orloff）創(chuàng)新獎、美國國立衛(wèi)生研究院杰出科研獎、施普林格優(yōu)秀博士論文，中國科學(xué)院百篇優(yōu)秀博士論文、禮來優(yōu)秀博士論文等十幾種榮譽。

教育背景：

2006-09--2012-01   中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院   博士，

2001-09--2006-07   鄭州大學(xué)   學(xué)士，

工作經(jīng)歷：

2023-10~現(xiàn)在, 中國科學(xué)院上海營養(yǎng)和健康研究所, 研究員，

2017-03~2024-02,南方科技大學(xué), 副教授,研究員，

2013-01~2017-03,美國國立衛(wèi)生研究院（NIH）, 博士后，

2012-01~2012-12,中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院, 助理研究員，

 

 

學(xué)術(shù)兼職：

1、2023-11-01-今,中國遺傳學(xué)會, 三維基因組學(xué)專委會委員。

2、2023-05-31-今,中國生物信息學(xué)學(xué)會（籌），表觀遺傳信息學(xué)專委會委員。

3、2023-05-01-今,廣東省生物信息學(xué)會, 常務(wù)理事。

4、2023-04-01-今,中國生物信息學(xué)學(xué)會（籌）, 非編碼RNA與RNA信息學(xué)專業(yè)委員會委員。

5、2021-03-01-今,中國生物工程學(xué)會, 系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)專業(yè)委員會委員。

招生方向：

0710Z1-基因組學(xué)，基因組研究方法 

0710Z2-計算生物學(xué)，生物信息 

1001Z1-精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)，腫瘤免疫

研究方向：

組學(xué)，生物信息，腫瘤免疫

研究內(nèi)容：　　

研究組致力于開發(fā)和整合組學(xué)技術(shù)和生物信息手段提升精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)。即基于多種組學(xué)技術(shù)刻畫人的衰老和癌癥樣本，通過建立新的人工智能算法和模型解析生物學(xué)過程，鑒定關(guān)鍵信號和分子靶點。主要研究方向： 　　

（1）開發(fā)組學(xué)技術(shù)和組學(xué)計算方法，尤其是單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)及其分析方法； 　　

（2）多組學(xué)數(shù)據(jù)整合，構(gòu)建全息細(xì)胞圖譜解析細(xì)胞解析細(xì)胞對外界刺激的應(yīng)答； 　　

（3）利用單細(xì)胞技術(shù)解析腫瘤微環(huán)境和腫瘤微進(jìn)化，發(fā)展精準(zhǔn)免疫治療。   

承擔(dān)科研項目：

（ 1 ） 整合多種單細(xì)胞技術(shù)解析腫瘤浸潤免疫細(xì)胞的耗竭機制, 負(fù)責(zé)人, 國家任務(wù), 2019-01--2022-12

（ 2 ） 發(fā)展單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)在單細(xì)胞水平研究基因調(diào)控, 負(fù)責(zé)人, 國家任務(wù), 2022-01--2025-12

（ 3 ） 開發(fā)多模態(tài)單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合方法在單細(xì)胞水平解析基因調(diào)控和發(fā)育, 負(fù)責(zé)人, 國家任務(wù), 2024-01--2027-12

（ 4 ） 單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)計算方法開發(fā)和數(shù)據(jù)挖掘, 負(fù)責(zé)人, 國家任務(wù), 2018-01--2018-12

（ 5 ） 新型可遺傳獲得性性狀和表觀載體的篩選, 負(fù)責(zé)人, 國家任務(wù), 2018-12--2021-11

（ 6 ） 細(xì)胞多重分子特征多維度分析、建模及癌變預(yù)警應(yīng)用, 負(fù)責(zé)人, 國家任務(wù), 2021-12--2024-11

（ 7 ） 基于單細(xì)胞測序和染色質(zhì)開放位點分析的腫瘤浸潤淋巴細(xì)胞耗竭過程研究, 負(fù)責(zé)人, 地方任務(wù), 2018-05--2021-05

（ 8 ） 基于個體化腫瘤數(shù)字模型的結(jié)直腸癌精準(zhǔn)診療研發(fā)團(tuán)隊, 參與, 地方任務(wù), 2019-11--2024-10

（ 9 ） 腫瘤免疫微環(huán)境三維高精度分析算法研究, 負(fù)責(zé)人, 地方任務(wù), 2022-10--2025-10

（ 10 ） 真核生物人工染色體的設(shè)計建造與功能研究, 參與, 國家任務(wù), 2021-12--2026-12

（ 11 ） 整合Stereo-seq和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組構(gòu)建單細(xì)胞分辨率的三維腫瘤微環(huán)境, 負(fù)責(zé)人, 境內(nèi)委托項目, 2023-01--2024-12

（ 12 ） 單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)在輔助生殖中的應(yīng)用, 參與, 地方任務(wù), 2023-05--2026-05

發(fā)明專利：

 [1]陳曦, 靳文菲, 徐瑋, 洪旎. 一種單細(xì)胞開放染色質(zhì)和轉(zhuǎn)錄組共測序文庫的構(gòu)建方法[P]. 廣東省: CN116694730A, 2023-09-05.

[2]王雪飛, 洪旎, 靳文菲. 一組特異性表達(dá)標(biāo)簽在鑒別耗竭性T細(xì)胞中的應(yīng)用[P]. 廣東省: CN116144745A, 2023-05-23.

[3]袁昕, 余勝, 洪旎, 靳文菲. 一種單細(xì)胞文庫的構(gòu)建方法[P]. 廣東省: CN113584598A, 2021-11-02.

  

代表論著（#第一作者，*通訊作者）

（1） Decreased GATA3 levels cause changed mouse cutaneous innate lymphoid cell fate, facilitating hair follicle recycling, Dev Cell, 2024, 第 1 作者  通訊作者

（2）Huang, Chunliu; Wang, Xuefei; Wang, Yingzhao; Feng, Yongyi; Wang, Xiumei; Chen, Shan; Yan, Peidong; Liao, Jing; Zhang, Qi; Mao, Chengzhou; Li, Yang; Wang, Lixiang; Wang, Xinyu; Yi, Wei; Cai, Weibin; Chen, Shoudeng; Hong, Ni*; He, Weiling*; Chen, Jun*; Jin, Wenfei*Sirpα on tumor-associated myeloid cells restrains anti-tumor immunity in colorectal cancer independent of its interaction with CD47. Nature Cancer, 2024, 5(2). 通訊作者

（3） Single cell analyses of cancer cells identified two regulatorily and functionally distinct categories in differentially expressed genes among tumor subclones, HELIYON, 2024, 第 10 作者  通訊作者

（4） Zhou, Jie; Chen, Guanming; Wang, Jiuling; Zhou, Bo; Sun, Xuemin; Wang, Jinsong; Tang, Shu; Xing, Xiangju; Hu, Xiaofei; Zhao, Yang; Peng, Yu; Shi, Wenjiong; Zhao, Tingting; Wu, Yuzhang; Zhong, Hanbing; Hong, Ni; Ruan, Zhihua*; Zhang, Yi*; Jin, Wenfei* (2023) Anti-PD-1 therapy achieves favorable outcomes in HBV-positive non-liver cancer. Oncogenesis Apr 20;12(1):22.  通訊作者

（5）Li, Hui; Liu, Hongyi; Liu, Yifei; Wang, Xuefei; Yu, Shiya; Huang, Hongwen; Shen, Xiangru; Zhang, Qi; Hong, Ni; Jin, Wenfei* (2023) Exploring the dynamics and influencing factors of CD4 T cell activation using single-cell RNA-seq. iScience Aug 9;26(9):107588. 通訊作者

（6） The bone-liver interaction modulates immune and hematopoietic function through Pinch-Cxcl12-Mbl2 pathway, CELL DEATH AND DIFFERENTIATION, 2023, 第 12 作者

（7） Su, Yang; Luo, Yifan; Zhang, Peitao; Lin, Hong; Pu, Weijie; Zhang, Hongyun; Wang, Huifang; Hao, Yi; Xiao, Yihang; Zhang, Xiaozhe; Wei, Xiayun; Nie, Siyue; Zhang, Keren; Fu, Qiuyu; Chen, Hao; Huang, Niu; Ren, Yan; Wu, Mingxuan; Chow, Billy Kwok Chong; Chen, Xing; Jin, Wenfei; Wang, Fengchao*; Zhao, Li*; Rao, Feng*.Glucose-induced CRL4COP1-p53 axis amplifies glycometabolism to drive tumorigenesis, Molecular Cell, 2023, 83(13): 2316-+.

（8） Proline uptake promotes activation of lymphoid tissue inducer cells to maintain gut homeostasis, NATURE METABOLISM, 2023, 第 15 作者

（9） Yi, Huiguang*; Lin, Yanling; Chang, Qing; Jin, Wenfei* (2023) A fast and globally optimal solution for RNA-seq quantification.Briefings in Bioinformatics  Aug 18;bbad298. (Advanced online)  通訊作者

（10）Xu W#,Yang W#, Zhang Y, Chen Y, Hong N, Zhang Q, Wang X, Hu Y, Song K, Jin W*, Chen X* (2022) ISSAAC-seq enables sensitive and flexible multimodal profiling of chromatin accessibility and gene expression in single cells. Nature Methods Oct;19(10):1243-1249.  通訊作者

（11）Wang X#, Shen X#, Chen S, Liu H, Hong N, Zhong H, Chen X, Jin W* (2022) Reinvestigation of Classic T Cell Subsets and Identification of Novel Cell Subpopulations by Single-Cell RNA Sequencing. Journal of  Immunology, 2022, 208(2): 396-406.  通訊作者

（12）Wu, Haoda#; Fu, Ruiqing#*; Zhang, Yu-Hong; Liu, Zhiming; Chen, Zhen-Hua; Xu, Jingkai; Tian, Yongji*; Jin, Wenfei*; Wong, Samuel Zheng Hao*; Wu, Qing-Feng.Single-Cell RNA Sequencing Unravels Upregulation of Immune Cell Crosstalk in Relapsed Pediatric Ependymoma, FRONTIERS IN IMMUNOLOGY, , 2022, 13: 903246.  通訊作者

（13）Alamin; M; Sultana; M. H; Lou; X; Jin; W; Xu; H. Dissecting Complex Traits Using Omics Data: A Review on the Linear Mixed Models and Their Application in GWAS, Plants-Basel, 2022, 11(23): 3277.  通訊作者

（14）Wang J#, Chen W#, Yue W, Hou W, Rao F, Zhong H, Qi Y*, Hong N*, Ni T*, Jin W* (2022) Comprehensive mapping of alternative polyadenylation site usage and its dynamics at single cell resolution. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2022, 119(49):e2113504119.  通訊作者

（15）Chen, Xi*; Jin, Wenfei.Sensitive, flexible and modular single-cell multi-omics profiling with ISSAAC-seq.Nature Methods, 2022, 19(10): 1183-1184. 

（15）Xu, C#; Luo, Z#; Zhang, Z*; Jin, W*.A topology-preserving dimensionality reduction method for single-cell RNA-seq data using graph autoencoder.SCIENTIFIC REPORTS, 2021, 11(1): 20028.  通訊作者

（16）Qin P#, Pang Y#, Hou W#, Fu R#, Zhang Y#, Wang X#, Meng G, Liu Q, Zhu X, Hong N*, Cheng T*, Jin W* (2021) Integrated decoding hematopoiesis and leukemogenesis using single cell sequencing and its medical implication. Cell Discovery, 2021, 7(1): 2. 通訊作者

（17）Yi G, Lin Y, Lin C, Jin W* (2021) Kssd: sequence dimensionality reduction by k-mer substring space sampling enables real-time large-scale datasets analysis. Genome Biology, 2021, 22(1): 84.. 通訊作者

（18）Hou, W; Duan, L; Huang, C; Li, X; Xu, X; Qin, P; Hong, N; Wang, D; Jin, W.Cross-Tissue Characterization of Heterogeneities of Mesenchymal Stem Cells and Their Differentiation Potentials.Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2021, 9: 781021.  通訊作者

（19）Xu, W; Wen, Y; Liang, Y; Xu, Q; Wang, X; Jin, W; Chen, X*.A plate-based single-cell ATAC-seq workflow for fast and robust profiling of chromatin accessibility.Nature Protocols, 2021, 16(8): 4084-4107.

（20）Fu, R; Qin, P; Zou, X; Hu, Z; Hong, N; Wang, Y*; Jin, W*.A Comprehensive Characterization of Monoallelic Expression During Hematopoiesis and Leukemogenesis via Single-Cell RNA-Sequencing.FRONTIERS IN CELL AND DEVELOPMENTAL BIOLOGY, 2021, 9: 702897.  通訊作者

（21）Wong; N. K; Luo; S; Chow; E. Y. D; Meng; F; Adesanya; A; Sun; J; Ma; H. M. H; Jin; W; Li; W. C; Yip; S. P; Huang; C. L.The Tyrosine Kinase-Driven Networks of Novel Long Non-coding RNAs and Their Molecular Targets in Myeloproliferative Neoplasms.FRONTIERS IN CELL AND DEVELOPMENTAL BIOLOGY, 2021, 9: 9:643043.

（22）Cao, H; Yan, Q; Wang, D; Lai, Y; Zhou, B; Zhang, Q; Jin, W; Lin, S; Lei, Y; Ma, L; Guo, Y; Wang, Y; Wang, Y; Bai, X; Liu, C; Feng, J. Q; Wu, C; Chen, D; Cao, X; Xiao, G.Focal adhesion protein Kindlin-2 regulates bone homeostasis in mice.Bone Research, 2020, 8(1): 2.

（23）Kurup, J. T; Han, Z; Jin, W; Kidder, B. L. H4K20me3 methyltransferase SUV420H2 shapes the chromatin landscape of pluripotent embryonic stem cells.DEVELOPMENT, 2020, 147(152): dev188516.

（24）Han Z, Cui K, Placek K, Hong N, Lin C, Chen W, Zhao K*, Jin W* (2020) Diploid genome architecture revealed by multi-omic data of hybrid mice. Genome Research, 2020, 30(8): 1097-1106. 通訊作者

（25）Fu, X; Zhou, B; Yan, Q; Tao, C; Qin, L; Wu, X; Lin, S; Chen, S; Lai, Y; Zou, X; Shao, Z; Wang, M; Chen, D; Jin, W; Song, Y; Cao, H; Zhang, G; Xiao, G. Kindlin-2 regulates skeletal homeostasis by modulating PTH1R in mice.SIGNAL TRANSDUCTION AND TARGETED THERAPY, 2020, 5(1): 297.

（26）Chen, Wei; Wang, Xuefei; Wei, Gang; Huang, Yin; Shi, Yufang; Li, Dan; Qiu, Shengnu; Zhou, Bin; Cao, Junhong; Chen, Meng*; Qin, Pengfei*; Jin, Wenfei*; Ni, Ting*.Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Six Subpopulations Reflecting Distinct Cellular Fates in Senescent Mouse Embryonic Fibroblasts.Frontiers in Genetics, 2020, 11: 867.  通訊作者

（27）Qiu, R; Yu, X; Wang, L; Han, Z; Yao, C; Cui, Y; Hou, G; Dai, D; Jin, W; Shen, N.Inhibition of Glycolysis in Pathogenic T(H)17 Cells through Targeting a miR-21-Peli1-c-Rel Pathway Prevents Autoimmunity.JOURNAL OF IMMUNOLOGY, 2020, 204(12): 3160-3170. 

（28）Wang, L; Qiu, R; Zhang, Z; Han, Z; Yao, C; Hou, G; Dai, D; Jin, W; Tang, Y; Yu, X; Shen, N..The MicroRNA miR-22 Represses Th17 Cell Pathogenicity by Targeting PTEN-Regulated Pathways.Immunohorizons, 2020, 4(6): 308-318.

（29）Zhou, B.; Jin, W.*.Visualization of Single Cell RNA-Seq Data Using t-SNE in R.Methods in Molecular Biology, 2020, 2117: 159-167.

（30）Wang W; Ren G; Hong N*; Jin W*.Exploring the changing landscape of cell-to-cell variation after CTCF knockdown via single cell RNA-seq.BMC GENOMICS, 2019, 20(1): 1015.  通訊作者

（31）Lai, Binbin; Gao, Weiwu; Cui, Kairong; Xie, Wanli; Tang, Qingsong; Jin, Wenfei; Hu, Gangqing; Ni, Bing; Zhao, Keji.Principles of nucleosome organization revealed by single-cell micrococcal nuclease sequencing (vol 562, pg 281, 2018).Nature, 2018, 564(7735): E17-E17.

（32）Lai B#, Tang Q#, Jin W#, Hu G#, Wangsa D, Cui K, Stanton BZ, Ren G, Ding Y, Zhao M, Liu S, Song J, Ried T, Zhao K (2018) Trac-looping measures genome structure and chromatin accessibility. Nature Methods Sep;15(9):741-747.

（33）Lai B; Gao W; Cui K; Xie W; Tang Q; Jin W; Hu G; Ni B; Zhao K.Principles of nucleosome organization revealed by single-cell micrococcal nuclease sequencing.Nature, 2018, 562(7726): 281-+.

（34）Hu G.; Cui K.; Fang D.; Hirose S.; Wang X.; Wangsa D.; Jin W.; Ried T.; Liu P.; Zhu J.; Rothenberg E. V.; Zhao K.Transformation of Accessible Chromatin and 3D Nucleome Underlies Lineage Commitment of Early T Cells.IMMUNITY, 2018, 48(2): 227-+.

（35）Ren G#, Jin W#, Cui K, Rodrigez J, Hu G, Zhang Z, Larson DR, Zhao K (2017) CTCF-Mediated Enhancer-Promoter Interaction Is a Critical Regulator of Cell-to-Cell Variation of Gene Expression. Molecular Cell Sep 21;67(6):1049-1058.

（36）Zhang Y.; Ku W. L.; Liu S.; Cui K.; Jin W.; Tang Q.; Lu W.; Ni B.; Zhao K.Genome-wide identification of histone H2A and histone variant H2A. Z-interacting proteins by bPPI-seq.Cell Research, 2017, 27(10): 1258-1274.

（37）Kraushaar, Daniel C.; Jin, Wenfei; Maunakea, Alika; Abraham, Brian; Ha, Misook; Zhao, Keji*.Genome-wide incorporation dynamics reveal distinct categories of turnover for the histone variant H3.3 (vol 14, R121, 2013).Genome Biology, 2016, 17: 21.

（38）Hu H.; Liu X.; Jin W.; Hilger Ropers H.; Wienker T. F.Evaluating information content of SNPs for sample-tagging in re-sequencing projects.SCIENTIFIC REPORTS, 2015, 5: 10247.

（39）Lou H.; Li S.; Jin W.; Fu R.; Lu D.; Pan X.; Zhou H.; Ping Y.; Jin L.; Xu S.Copy number variations and genetic admixtures in three Xinjiang ethnic minority groups.European Journal of Human Genetics, 2015, 23(4): 536-542.

（40）Jin W#, Tang Q#, Wan M, Cui K, Zhang Y, Ren G, Ni B, Sklar J, Przytycka T, Childs R, Levens D, Zhao K (2015) Genome-wide detection of DNase I hypersensitive sites in single cells and FFPE tissue samples. Nature Dec 3;528(7580):142-146.

（41）Yan S.; Wang C. C.; Zheng H. X.; Wang W.; Qin Z. D.; Wei L. H.; Wang Y.; Pan X. D.; Fu W. Q.; He Y. G.; Xiong L. J.; Jin W. F.; Li S. L.; An Y.; Li H.; Jin L.Y Chromosomes of 40% Chinese Descend from Three Neolithic Super-Grandfathers.PLOS ONE, 2014, 9(8): e105691.

（42）Jin W#, Li R#, Zhou Y, Xu S (2014) Distribution of ancestral chromosomal segments in admixed genomes and its implications for inferring population history and admixture mapping. European Journal of  Human Genetics, 2014, 22(7): 930-937.

（43）Qin P.; Li Z.; Jin W.; Lu D.; Lou H.; Shen J.; Jin L.; Shi Y.; Xu S. A panel of ancestry informative markers to estimate and correct potential effects of population stratification in Han Chinese,European Journal of Human Genetics, 2014, 22(2): 248-253.

（44）Hatin W. I.; Nur-Shafawati A. R.; Etemad A.; Jin W.; Qin P.; Xu S.; Jin L.; Tan S. G.; Limprasert P.; Feisal M. A.; Rizman-Idid M.; Zilfalil B. A.; Consortium Hugo Pan-Asian SNP.A genome wide pattern of population structure and admixture in peninsular Malaysia Malays.Hugo J, 2014, 8(1): 5.

（45）Wang E.#; Jin W.#; Duan W.#; Qiao B.; Sun S.; Huang G.; Shi K.; Jin L.; Wang H.Association of Two Variants in SMAD7 with the Risk of Congenital Heart Disease in the Han Chinese Population, PLOS ONE, 2013, 8(9): e72423.

（46）Kraushaar DC#, Jin W#, Maunakea A, Abraham B, Ha M, Zhao K (2013) Genome-wide incorporation dynamics reveal distinct categories of turnover for the histone variant H3.3. Genome Biology, 2013, 14(10): R121.

（47）Jin W, Qin P, Lou H, Jin L, Xu S (2012) A systematic characterization of genes underlying both complex and Mendelian diseases. Human Molecular Genetics, 2012, 21(7): 1611-1624.

（48）Jin W, Xu S, Wang H, Yu Y, Shen Y, Wu B, Jin L (2012) Genome-wide detection of natural selection in African Americans pre- and post-admixture. Genome Research, 2012, 22(3): 519-527.

（49）Jin W, Wang S, Wang H, Jin L, Xu S (2012)  Exploring Population Admixture Dynamics via Empirical and Simulated Genome-wide Distribution of Ancestral Chromosomal Segments, American Journal of Human Genetics, 2012, 91(5): 849-862.

（50）Lou H.; Li S.; Yang Y.; Kang L.; Zhang X.; Jin W.; Wu B.; Jin L.; Xu S.A Map of Copy Number Variations in Chinese Populations.PLos One, 2011, 6(11): e27341.

（51）Xu S.; Li S.; Yang Y.; Tan J.; Lou H.; Jin W.; Yang L.; Pan X.; Wang J.; Shen Y.; Wu B.; Wang H.; Jin L.A Genome-Wide Search for Signals of High-Altitude Adaptation in Tibetans.MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION, 2011, 28(2): 1003-1011.

（52）Xu S.; Jin W.; Jin L.Haplotype-Sharing Analysis Showing Uyghurs Are Unlikely Genetic Donors.Molecular Biology and Evolution, 2009, 26(10): 2197-2206.

（53）Xu S.; Yin X.; Li S.; Jin W.; Lou H.; Yang L.; Gong X.; Wang H.; Shen Y.; Pan X.; He Y.; Yang Y.; Wang Y.; Fu W.; An Y.; Wang J.; Tan J.; Qian J.; Chen X.; Zhang X.; Sun Y.; Zhang X.; Wu B.; Jin L.Genomic Dissection of Population Substructure of Han Chinese and Its Implication in Association Studies.AMERICAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS, 2009, 85(6): 762-774.

發(fā)表著作

（1） 混合人群的混合動態(tài)、自然選擇與疾病, Admixture Dynamics, Natural Selection and Diseases in Admixed Populations, 施普林格, 2015-10, 第 1 作者

   

 

曾獲南方科技大學(xué)“良師益友”優(yōu)秀研究生導(dǎo)師、優(yōu)秀書院導(dǎo)師、南科大優(yōu)秀研究生導(dǎo)師和美國國立心肺血液所奧洛夫（Orloff）創(chuàng)新獎、美國國立衛(wèi)生研究院杰出科研獎、施普林格優(yōu)秀博士論文，中國科學(xué)院百篇優(yōu)秀博士論文、禮來優(yōu)秀博士論文等十幾種榮譽。   

1、南方科技大學(xué)優(yōu)秀研究生導(dǎo)師, , 研究所（學(xué)校）, 2022

2、南方科技大學(xué)“良師益友”優(yōu)秀研究生導(dǎo)師, 研究所（學(xué)校）, 2022

3、廣東省珠江人才計劃青年拔尖, , 省級, 2019

4、深圳市國家級領(lǐng)軍人才,靳文菲*,深圳市, 其它, 人才獎, 2017.

 

 

   

 

 

   勤奮為筆，刻畫細(xì)胞千姿百態(tài)  

——記南方科技大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院副教授靳文菲 

2024-06-11　 

 

常規(guī)測序獲得一群細(xì)胞的信號均值，丟失了細(xì)胞的個性化信息，而單細(xì)胞測序的出現(xiàn)則彌補了這一不足。單細(xì)胞測序是在單個細(xì)胞水平對基因組、轉(zhuǎn)錄組或表觀基因組進(jìn)行測序分析的技術(shù)。自2009年全球第一篇單細(xì)胞測序論文發(fā)表以來，單細(xì)胞測序技術(shù)快速發(fā)展。近年，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序雖已相對成熟，但有許多其他模態(tài)還不能被較好地檢測出來。此外，常規(guī)單細(xì)胞測序技術(shù)一般只檢測細(xì)胞的一種模態(tài)，導(dǎo)致信息碎片化。因此，開發(fā)高效的單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)捕獲同一細(xì)胞的多種模態(tài)信息成為亟須解決的難題。 

南方科技大學(xué)（簡稱“南科大”）生命科學(xué)學(xué)院副教授靳文菲，長期利用組學(xué)技術(shù)和生物信息手段來解析基因調(diào)控和疾病發(fā)生發(fā)展。近年來，他立足于開發(fā)單細(xì)胞測序技術(shù)和分析方法，并應(yīng)用這些方法研究腫瘤，為尋找新的免疫治療靶點而不懈創(chuàng)新。迄今為止，靳文菲已發(fā)表論文50余篇，其中以第一/通訊作者身份在《自然》《自然·方法》《自然·癌癥》《美國科學(xué)院院報》等國際著名期刊發(fā)表論文20余篇，總引用超3000次。每一項成果的背后都是靳文菲踏實勤奮的身影。創(chuàng)新本無根，盡從勤里得，用這句話來形容靳文菲再合適不過。 

名師引路，群體遺傳學(xué)初展頭角 

2001年，生命科學(xué)方興未艾。靳文菲進(jìn)入鄭州大學(xué)剛設(shè)立的生物工程系學(xué)習(xí)。在校期間，他考取了多個計算機證書，無形中為日后利用計算手段研究基因組打下了基礎(chǔ)。 

“2005年，我聽說中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院（簡稱‘上海生科院’）在招實習(xí)生，便寫信聯(lián)系，但久不見回音。于是，我直接去了上海生科院，王恩多老師（生物化學(xué)家與分子生物學(xué)家、中國科學(xué)院院士）和劉默芳老師與我聊過之后覺得我可以做一些事情，爽快地錄用了我。”靳文菲說。在上海生科院的實習(xí)，讓此前很少有機會接觸科學(xué)前沿的靳文菲大開眼界。靳文菲在大院里見到了由中國科學(xué)院與德國馬普學(xué)會共同規(guī)劃、合作籌建、聯(lián)合資助、共同管理、高度國際化的新型科研機構(gòu)——中國科學(xué)院-馬普學(xué)會計算生物學(xué)伙伴研究所（簡稱“計算生物所”）。計算生物所寬松自由的學(xué)術(shù)氛圍與先進(jìn)的科研教學(xué)理念深深吸引著他，令人欣喜的是，靳文菲也幸運地被計算生物所錄取為第一屆研究生，使得他在計算生物學(xué)這一交叉學(xué)科興起之初就能進(jìn)入其中。 

一天晚上，靳文菲和同學(xué)一起去找金力教授（人類遺傳與進(jìn)化遺傳學(xué)家、中科院院士）討論到他的實驗室做輪轉(zhuǎn)，金力教授娓娓動聽地講述了一些自己經(jīng)歷或遇到的有趣科學(xué)故事，介紹了人類遺傳學(xué)的熱點。金力教授視野開闊、和藹可親、樂觀堅毅，給靳文菲留下深刻的印象。靳文菲與金力教授的愉快交流一直貫穿于5年多的博士學(xué)習(xí)期間。師兄徐書華博士給了靳文菲很多幫助和指導(dǎo)。徐書華博士成為靳文菲的共同博士生導(dǎo)師。在兩位導(dǎo)師的用心指導(dǎo)下，他開始利用單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)分析人群結(jié)構(gòu)和人群混合。通過分析我國混合人群如維吾爾族積累了一定經(jīng)驗后，他又轉(zhuǎn)向了更國際化的課題——美國黑人人群的形成。他在這個過程中構(gòu)建了一系列研究混合人群的方法。 

當(dāng)時遇到的最大難題是手頭的美國黑人數(shù)據(jù)太少，靳文菲時刻關(guān)注著公共數(shù)據(jù)庫中美國黑人數(shù)據(jù)的更新。一天，他突然看到新聞報道說：“因美納公司正在收集全球人群的單核苷酸多態(tài)性微陣列數(shù)據(jù)，以便構(gòu)建數(shù)據(jù)庫為全球的全基因組關(guān)聯(lián)分析研究提供免費的健康對照。”他立刻意識大量高質(zhì)量的美國黑人數(shù)據(jù)將唾手可得。在成熟的分析方法和高質(zhì)量數(shù)據(jù)的加持下，他解析了美國黑人的形成歷史及自然選擇對他們高發(fā)疾病的影響。成果發(fā)表在《基因組研究》《美國人類遺傳學(xué)雜志》《人類分子遺傳學(xué)》等期刊上，施普林格出版集團(tuán)還以圖書形式出版了他的博士論文。靳文菲獲得了國際人類遺傳學(xué)會/美國人類遺傳學(xué)會（ICHG/ASHG）旅行獎、施普林格優(yōu)秀博士論文、中國科學(xué)院百篇優(yōu)秀博士論文、禮來優(yōu)秀博士論文、計算生物所第一作者獎，以及地奧獎學(xué)金、輝瑞獎學(xué)金等榮譽獎勵。 

勇于探索，單細(xì)胞表觀遺傳創(chuàng)佳績 

“畢業(yè)前，美國國立衛(wèi)生研究院（NIH）的表觀遺傳學(xué)家趙可吉研究員（美國科學(xué)促進(jìn)會會士）來所里交流，我借機交流并獲得了去他實驗室做博士后的錄取通知。”靳文菲說。2013年1月2日，他開始在NIH趙可吉實驗室進(jìn)行表觀基因組研究。這個實驗室屬于NIH的院內(nèi)研究項目資助，有穩(wěn)定經(jīng)費支持，靳文菲可以安心做自己感興趣的研究。到NIH后，趙老師叮囑他：“我們不能滿足于對實驗室已有工作做簡單的擴展，要做探索性工作。”不久，靳文菲和丹尼爾·克勞夏（Daniel Kraushaar）博士合作鑒定到H3.3在全基因的3種更新模式并發(fā)表在《基因組生物學(xué)》上，這增強了靳文菲的信心。他由此開始了一項極具挑戰(zhàn)性的工作——研究染色質(zhì)可及性在細(xì)胞間的差異。 

最終，功夫不負(fù)有心人，靳文菲和同事在《自然》上報道了開發(fā)的單細(xì)胞DNase測序技術(shù)。這項技術(shù)能夠很好地檢測染色質(zhì)可及性的細(xì)胞間差異及癌細(xì)胞特異性的染色質(zhì)可及性，在學(xué)界產(chǎn)生了廣泛影響。靳文菲先后獲得美國國立心肺血液所奧洛夫（Orloff）創(chuàng)新獎、美國國立衛(wèi)生研究院卓越科研獎（FARE）、美國國立衛(wèi)生研究院中國學(xué)者聯(lián)誼會卓越科學(xué)家獎等。 

從零起步，組建單細(xì)胞精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)實驗室 

當(dāng)靳文菲在NIH積極探索時，我國深圳正在緊鑼密鼓地籌建一所采用新體制的研究型大學(xué)。鄧巍巍教授在2017年寫的《終身教授海歸記》中對南科大的辦學(xué)理念、辦學(xué)特點、學(xué)術(shù)氛圍等進(jìn)行了細(xì)膩的刻畫。靳文菲被南科大的新體制、新模式、新愿景所吸引。2017年，入選國家高層次青年人才的他滿懷憧憬地加入南科大，開啟了與南科大共同成長的崢嶸歲月。 

雖然南科大有先進(jìn)的辦學(xué)理念，但當(dāng)時作為一所新建大學(xué)，一沒名氣，二沒平臺，在招聘和招生上都面臨著巨大的挑戰(zhàn)，正所謂理想很豐滿、現(xiàn)實很骨感。幸運的是，靳文菲加入南科大的想法首先得到了他的師弟秦鵬飛博士的認(rèn)可和加盟。隨后通過老師和朋友介紹，先后有侯文洪、王偉、韓志軍、付睿卿加入，實驗室達(dá)到5名成員的規(guī)模，迅速采購實驗儀器設(shè)備并搭建了高性能計算平臺。半年后，實驗室已經(jīng)進(jìn)入正常運轉(zhuǎn)狀態(tài)。 

在新單位籌建實驗室還面臨著一系列難題。因?qū)W校沒有博士學(xué)位授予點，主要依賴哈爾濱工業(yè)大學(xué)等大學(xué)進(jìn)行聯(lián)合培養(yǎng)，博士生名額非常少，且實驗室也沒有足夠的經(jīng)費長期穩(wěn)定資助全職科研人員，因此接收其他高校的研究生來客座開展科研成為擴充人才隊伍的重要途徑。其間，先后有山西醫(yī)科大學(xué)的王雪飛、鄭州大學(xué)的王軍亮、中國科學(xué)院上海生科院的姚超、美國東北大學(xué)的索菲婭·霍（Sophia Ho）等客座學(xué)生加入實驗室。客座學(xué)生不僅承擔(dān)了科研項目，也豐富了實驗室的文化。 

不懼挑戰(zhàn)，科研事業(yè)全面開花 

入職南科大后，靳文菲專注于開發(fā)基因組技術(shù)和計算方法解決生物醫(yī)學(xué)難題。同時，靳文菲積極承擔(dān)國家科研任務(wù)，先后承擔(dān)了8項與基因組學(xué)相關(guān)的國家級科研任務(wù)，包括主持4項國家自然科學(xué)基金委項目。他作為課題負(fù)責(zé)人參與了“獲得性性狀的生殖傳遞機制”和“數(shù)字化細(xì)胞參照系研究、建設(shè)與示范應(yīng)用”兩項國家重點研發(fā)計劃。靳文菲把實驗室的科研工作融入承擔(dān)的科研任務(wù)當(dāng)中，在單細(xì)胞測序、組學(xué)大數(shù)據(jù)挖掘等方面取得了系統(tǒng)性成果，并把這些技術(shù)應(yīng)用到腫瘤研究中。 

2018年，靳文菲和NIH趙可吉實驗室合作在《自然·方法》上發(fā)表并行檢測染色質(zhì)可及性和染色質(zhì)遠(yuǎn)程互作的Trac-looping。這一技術(shù)創(chuàng)新性地使用檢測染色質(zhì)可及性的轉(zhuǎn)座酶在空間距離很近的DNA上插入二價寡核苷酸連接子來檢測遠(yuǎn)距離互作，給三維基因組學(xué)界帶來了一種全新的視角和理念。2020年，他和NIH趙可吉實驗室合作在《基因組研究》上發(fā)表二倍體基因組三維結(jié)構(gòu)建模和基因調(diào)控的成果。研究整合了雜合小鼠模型的多種組學(xué)解析同源染色體間互作模式、染色質(zhì)動態(tài)、組蛋白修飾及其對基因表達(dá)的影響，豐富了對三維基因組參與基因調(diào)控的認(rèn)識。 

2021年，靳文菲實驗室在《基因組生物學(xué)》上發(fā)表了組學(xué)大數(shù)據(jù)素描法kssd。kssd將組學(xué)大數(shù)據(jù)降維幾千至幾十萬倍之后仍能保持?jǐn)?shù)據(jù)集間距離或者相似度不變，實現(xiàn)了組學(xué)大數(shù)據(jù)的快速聚類、質(zhì)控、搜索等分析。2023年，團(tuán)隊在《生物信息學(xué)簡報》上發(fā)表新型RNA-seq定量方法TQSLE。TQSLE是目前唯一的能給出準(zhǔn)確轉(zhuǎn)錄本表達(dá)定量的非序列比對算法。 

2022年，靳文菲和陳曦實驗室合作在《自然·方法》上發(fā)表了他們開發(fā)的單細(xì)胞多模態(tài)組學(xué)技術(shù)ISSAAC-seq。ISSAAC-seq在細(xì)胞原位通過兩輪差異化的Tn5轉(zhuǎn)座反應(yīng)，分別標(biāo)記來自ATAC和RNA的讀段,混合擴增建庫后測序，從而捕獲同一細(xì)胞的染色質(zhì)可及性和轉(zhuǎn)錄組。ISSAAC-seq被單細(xì)胞測序網(wǎng)等選入單細(xì)胞領(lǐng)域的10個“年度里程碑大事件”。同年，靳文菲和復(fù)旦大學(xué)倪挺實驗室在《美國科學(xué)院院報》發(fā)表了單細(xì)胞多聚腺苷酸測序scPolyA-seq。利用這一技術(shù)發(fā)現(xiàn)polyA位點的使用伴隨著細(xì)胞周期變化呈現(xiàn)出幾種不同的模式；發(fā)現(xiàn)敲除MSL1或SCCPDH的polyA位點能影響細(xì)胞周期。這預(yù)示著polyA位點使用的轉(zhuǎn)換在細(xì)胞周期調(diào)控中發(fā)揮重要作用。 

2024年1月，靳文菲和中山大學(xué)陳俊實驗室在《自然·癌癥》上報道了腫瘤相關(guān)髓系細(xì)胞上的Sirpα不依賴CD47調(diào)控腫瘤免疫逃逸。研究通過分析大規(guī)模單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)細(xì)胞表面受體Sirpα在腫瘤相關(guān)髓系細(xì)胞中特異性高表達(dá)并與癌癥患者預(yù)后呈負(fù)相關(guān)；發(fā)現(xiàn)Sirpα缺失誘導(dǎo)產(chǎn)生了強抗腫瘤的髓系細(xì)胞亞群，通過Syk/Btk激酶依賴的Ccl8分泌促進(jìn)T細(xì)胞募集。Sirpα敲除與抗PD-L1的聯(lián)合治療更好地抑制了腫瘤發(fā)展，意味著Sirpα阻斷有望成為腫瘤免疫治療的新靶點。 

靳文菲的工作得到同行的高度認(rèn)可，受邀在國際會議或?qū)�業(yè)研討會上做口頭報告50余次。入選了珠江人才和孔雀計劃。在靳文菲看來，把科研成果產(chǎn)業(yè)化才真的完成了科研的大閉環(huán)。他現(xiàn)在與多家公司在溝通相關(guān)成果的產(chǎn)業(yè)化，希望能夠早日造福各方。 

誨人不倦，培養(yǎng)和造就科研新人 

勤奮鉆研、不輕易放棄，是靳文菲及其團(tuán)隊高產(chǎn)的秘訣所在。靳文菲說：“在單細(xì)胞多聚腺苷酸測序項目中，起初分析這個數(shù)據(jù)的學(xué)生感覺數(shù)據(jù)不夠好退出了項目。這樣項目被擱置了很久。在和多個學(xué)生溝通后，來自鄭州大學(xué)的王軍亮同學(xué)最終接手了這個項目的數(shù)據(jù)分析，他愿意嘗試各種探索性分析。一天，他突然發(fā)現(xiàn)細(xì)胞周期相關(guān)基因的polyA使用模式聚成了幾個明顯的簇，每個簇富集了特定功能的基因，項目的主要發(fā)現(xiàn)就這么突然產(chǎn)生了。”在單細(xì)胞多模態(tài)組學(xué)技術(shù)ISSAAC-seq開發(fā)過程中，檢測到的RNA一直很少，項目進(jìn)入了漫長的瓶頸期。“合作者陳曦教授帶領(lǐng)徐瑋博士嘗試一年多，直到降低ATAC-seq的反應(yīng)溫度才獲得了高質(zhì)量的數(shù)據(jù)。”靳文菲說，這些成果并不是靈光乍現(xiàn)得來的，而是長期堅持和嘗試的結(jié)果。 

靳文菲及其團(tuán)隊在一次次的磨合、鍛煉中成長。同時，他以身作則、積極溝通，帶動大家的科研熱情。隨著經(jīng)驗的積累，靳文菲也摸索出了自己的人才培養(yǎng)方案。他說：“在把握大方向的同時，給學(xué)生留出自我發(fā)揮空間。安排幾個博士生做內(nèi)容相關(guān)但又相對獨立的課題，既鍛煉他們獨立完成課題的能力也有利于他們相互討論和相互幫助。對于剛進(jìn)入實驗室的學(xué)生來說，安排他們加入師兄師姐的課題使得他們能夠快速地掌握相關(guān)技能。” 

靳文菲先后指導(dǎo)近30名本科生完成多項國家級競賽、國家級和省級大創(chuàng)項目等。為鍛煉本科生獨立思考的能力，靳文菲每年都會在課程中要求學(xué)生設(shè)計一個程序，實現(xiàn)特定功能，并寫成報告。“實驗室畢業(yè)的本科生幾乎都進(jìn)入哈佛、北大、港大、哥大、復(fù)旦等國內(nèi)外著名高校繼續(xù)深造。2023年陳太陽同學(xué)被哈佛大學(xué)錄取，成為南科大建校以來第一名被哈佛大學(xué)錄取的學(xué)生。”靳文菲的付出受到了學(xué)生和學(xué)校的高度認(rèn)可，獲得了南科大首屆“良師益友”優(yōu)秀研究生導(dǎo)師、南科大致新書院優(yōu)秀書院導(dǎo)師、致新書院最具活力導(dǎo)師組、南科大優(yōu)秀研究生導(dǎo)師等榮譽。 

作為南科大的元老級人物，靳文菲推動并參與了學(xué)校早期平臺和制度建設(shè)、參與申報了學(xué)校的第一個博士點、參與申報了學(xué)校的第一個國家級科研平臺等。推動并見證了一個個從無到有的轉(zhuǎn)變。他自豪地說：“在南科大工作的崢嶸歲月里，我推動并見證了南科大的迅速崛起。”伴隨著南科大的一路躍升，靳文菲也以勤奮為筆，寫就了自己的專屬篇章。 

孜孜向前，開啟奮進(jìn)新篇章 

南科大已經(jīng)由一張藍(lán)圖變成現(xiàn)實，并由現(xiàn)實發(fā)展成為一個成熟的大學(xué)。靳文菲也將開始新征程。2024年，靳文菲將入職中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所。談到為什么加入中國科學(xué)院時，靳文菲說：“想到將在有著悠久科學(xué)傳承的岳陽路320號專心地做自己喜歡的科研，感到非常開心和興奮。”在新的崗位，他將繼續(xù)保持創(chuàng)新的勇氣和勤奮的干勁，在基因組學(xué)和腫瘤生物領(lǐng)域交出更加濃墨重彩的答卷。

專家簡介

靳文菲，南方科技大學(xué)生科院副教授，研究員、博士生導(dǎo)師、國家高層次青年人才、珠江人才計劃青年拔尖人才。長期從事基因組學(xué)、腫瘤免疫相關(guān)研究。主要研究方向：1.發(fā)展和利用單細(xì)胞測序技術(shù)研究腫瘤微進(jìn)化和腫瘤微環(huán)境；2.生物信息。發(fā)表論文50余篇，其中以（含共同）第一/通訊作者身份在《自然》《自然·癌癥》《自然·方法》《分子細(xì)胞》《美國科學(xué)院院報》《基因組研究》《基因組生物學(xué)》等雜志發(fā)表29篇論文，總引用>3000次（谷歌學(xué)術(shù)）。先后承擔(dān)十余項國家和省部級項目（主持4項國家自然科學(xué)基金和2項國家重點研發(fā)課題負(fù)責(zé)）。擔(dān)任《分子遺傳學(xué)和基因組學(xué)》副總編輯和多個雜志的編委。

曾獲南方科技大學(xué)“良師益友”優(yōu)秀研究生導(dǎo)師、優(yōu)秀書院導(dǎo)師、南科大優(yōu)秀研究生導(dǎo)師和美國國立心肺血液所奧洛夫（Orloff）創(chuàng)新獎、美國國立衛(wèi)生研究院杰出科研獎、施普林格優(yōu)秀博士論文，中國科學(xué)院百篇優(yōu)秀博士論文、禮來優(yōu)秀博士論文等十幾種榮譽。

       來源：科學(xué)中國人 2024年第5期創(chuàng)新之路