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盧本卓——生物計算研究專家盧本卓——中國科學院計算數學與科學工程計算研究所研究員

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最后更新: 2015-04-13
 
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 盧本卓——生物計算研究專家盧本卓——中國科學院計算數學與科學工程計算研究所研究員 

專家信息:

盧本卓,男,博士,現任中國科學院計算數學與科學工程計算研究所研究員。

教育及工作經歷:

1989年至1993年華東師范大學物理學,學士。

1993年至1997年云南農業大學,助教。

1997年至2002年中國科技大學生物化學與分子生物學,博士。

1999年6月至1999年9月意大利底里亞斯特國際理論物理中心(ICTP),訪問學生。  

2003年至2006年加州大學圣地亞哥分校化學與生物化學系,博士后。  

2006年至2008年霍華德休斯醫學研究所,研究人員。 

2008年至今中國科學院計算數學與科學工程計算研究所,副研究員。

社會任職:

1. 美國生物物理學會,化學學會,蛋白質學會,北京計算數學學會等成員。

2. 法國國家研究署基金評審。

3. Journal of Computational Physics, Biophysical Journal, Physical Chemistry Chemical Physics, Journal of Chem. Phys., Communications in Computational Physics, Journal of Phys. Chem. A, B.等的審稿人。

教學情況:

主講課程:

本科生“普通物理”、“高等數學”。

博士生“生物分子的模擬與計算”。

培養研究生情況:

資料更新中……

科學研究:

研究方向:

主要從事生物計算與模擬的研究。

承擔科研項目情況:

1. 生物分子模擬的連續模型與計算方法。

資料更新中……

科研成果:

資料更新中……

論文專著:

資料更新中……

出版專著:

資料更新中……

發表論文:

資料更新中……

學術交流:

1. "Accelerating computations to order N for electrostatic interactions of biomolecular systems" on Sep. 11, 2006 at the 232nd ACS National Meeting, San Francisco, CA, September 10-14, 2006.

2. "Electrostatics, density distribution, and diffusion - A continuum modeling frame with realistic spatiotemporal resolution" on March 7, 2007 at the Biophysical Society 51st Annual Meeting . Baltimore, Maryland, MD, March 3-7, 2007.

3. "Molecular Simulations of Protein Kinase A: Release of ADP from the catalytic subunit of PKA: A MD simulation study" on July 12, 2005 at ICAM Frontiers of Science Symposium: Signal Transduction and Protein Phosphorylation, UC San Diego, CA.

4. "Toward more efficient and accurate continuum modeling",2007-12-22,北京工業大學。

5. “Modeling non-uniform particle size effects in electro-diffusion framework”,Minisymposium on Mathematics in Materials Science, National Center for Mathematics and Interdisciplinary Sciences, Beijing, China,9.19, 2011.

6. “求解生物分子靜電PB方程的邊界元方法及其加速”,稠密矩陣方程的快速計算方法研討會,河海大學工程與科學數值模擬軟件中心,Nanjing, China,2011,10月8日。

7. 2009 SIAM Annual Meeting, July 6-10, Denver, Colorado, July 10, 2009.

8. 2011, May 2, ?Department of Mathematical Sciences, Delaware State Univesity, Dover, USA.

9. 2011, May 29, 武漢大學物理科學與技術學院,武漢,中國。

10. Continuum modeling of electrodiffusion around single molecule, KITPC Workshop on "Dynamics and Biomolecular Machinery", Jul 29-Aug 10, 2009, 中國科學院-卡弗里理論物理研究所(Kavli Institute for Theoretical Physics),2009-7-29.

11. Continuum modeling of electrodiffusion: from equlibrium to nonequilibrium states,Dept. of Molecular Biology & Biochemistry, University of California at Irvine, 4/25/08.

12. CTW: Modeling and computation of biomolecular structure and dynamics, April 25-29, 2011, Mathematical Biosciences Institute, The Ohio State University, USA.

13. Cyberinfrastructure and multiscale modeling approaches,NBCR (National Biomedical Computation Resource) Summer Institute 2006, La Jolla, California, August 7-11 August, 2006, weblink: http://nbcr.net/si/2006/contact.php (Instructor).

14. Fully-continuum diffusion -- the Poisson-Nernst-Planck model and some extensions, the 2008 CTBP Summer School, Coarse-Grained Physical Modeling of Biological Systems: Advanced Theory and Methods, San Diego, CA, August 11-15, 2008.

15. Informal Seminars on Mathematics and Biochemistry-Biophysics, "Boundary integral methods for electrostatics in biomolecules: An overview", 4/8/08, 2008; And "Electrodiffusion", 10/2/07, 2007. Department of Mathematics, UCSD.

16. Modelling of Electrostatics and Diffusion Processes in Biological Systems, Frontiers in Science (FIS) program -- Integrated Physics, Biology, Chemistry, Mathematics and Computer Science, a CTBP-CSUSM Seminar Series, California State University San Marcos, Sept. 25, 2008.

17. Poisson-Boltzmann靜電作用的計算,蘇州大學數學院,2010年4月7日,蘇州。

18. The 2nd Annual International Conference on Computational and Systems Biology (ICCSB2010), Oct. 22-24, 2010,杭州,中國。

19. 第二屆國際生物軟件會議 The 2nd Annual World Bio-Soft Forum (Bio-Soft 2010),June 23-25,2010,大連,中國。

20. 分子尺度上的電擴散過程模擬, 蘇州大學系統生物學研究中心,2010年11月18日,蘇州。

21. 分子模擬中的連續模型方法,上海交通大學致遠學院,2010年12月17日,上海。

22. 分子模擬中的自由能計算方法,北京基因研究所, 中國科學院, 北京,2009-5-8。

23. 國際生物分子連續模擬方法會議(WCMB),中國科學院數學與系統科學研究院,2009年9月14-17日,北京。

24. 國家數學與生物醫學交叉中心與科學院-馬普計算生物所聯合研討會,2010年12月28-30,上海。

25. 計算與應用數學前沿研討會,2009年8月9-10日, 清華大學,北京,2009。

26. 離散與連續的分子動力學模擬,2007-12-17,武漢物理數學研究所。

27. 生物分子的連續模型模擬方法,北京大學數學學院,2009-3-17。

28. 生物分子模擬技術中一些發展、改進和應用,計算數學與科學工程計算研究所,中國科學院,北京,2008十二月11日。

29. 生物分子溶液中離子尺寸效應模型和計算,統計物理與復雜系統研討會(理論物理研究所主辦),2010年12月5-8日,北京。

30. 生物分子體系的電擴散模型, 清華大學周培源應用數學中心,2008-12-15。

31. 實踐引導的數學---分子模擬中的幾個例子,青年科研人員聯合會 報告,中國科學院數學與系統科學研究院,2010年5月28日,北京。

32. 序列報告(I,II,III),計算數學與科學工程計算研究所,中國科學院,北京,2008十二月8,11,17日。

33. 真實蛋白質折疊的一個優化方法,2002-3-30,第七屆海內外生命科學研討會,軍事醫學科學院,北京,中國。

榮譽獎勵:

資料更新中…… 

 

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